egyházak szerepe a nemzeti identitás megőrzésében
1920 után a Magyarországtól elcsatolt területeken a legátfogóbb magyar nyelven működő intézményhálózattal az egyházak rendelkeztek. A mai napig ez az az önálló intézményi felület, amellyel a legszélesebb körben anyanyelvükön érintkeznek a magyar nemzeti kisebbségek és amely a legnagyobb bizalmat élvezi a közösségben. A két világháború közötti időszakban a szomszédos országokban lezajlott földreformok és az egyházszervezeti változások jelentősen meggyengítették ezeket a magyar felekezeteket. Romániában a magyar nyelvű oktatás döntően egyházi feladat lett, de az egyházak a helyi kisebbségi közösségekben más területen is a legfontosabb szervező intézményként működtek. A második világháború utáni kommunista diktatúrában az egyházak működését jelentősen korlátozták, állami ellenőrzés alá helyezték. Ez alól magyar nyelvterületen az Erdélyi Római Katolikus Püspökség – a Gyulafehérvári Egyházmegye – képezett kivételt, amely nem volt hajlandó feladni az egyház függetlenségét, a Szentszékhez való hűségét.
E nemzeti identitást őrző sajátos funkciónak is köszönhető, hogy a határon túli magyarok a magyarországiaknál nagyobb mértékben tartották magukat vallásosnak (2000-ben). A magyarországi felnőtt népesség 54%-ával szemben a felvidéki magyarok 65%-a, az erdélyiek 66%-a, a vajdaságiak 72%-a, a kárpátaljaiaknak pedig 83 %-a mondta magát vallásosnak. 2011-ben a romániai magyarok 45,9%-a a református, 40,8%-a a római katolikus felekezethez tartozónak vallotta magát. Ugyanekkor a szlovákiai magyarok 69,2%-a tartozott a római katolikus egyházhoz, 15,3%-a reformátusnak mondta magát.2017-ben a kárpátaljai magyarok 65%-a reformátusnak, 18%-a római katolikusnak, 12,5%-a görögkatolikusnak vallotta magát. 2002-es becslés szerint a vajdasági magyarok 88%-a katolikus, 5,7%-a református hitű volt. A horvátországi magyaroknak a fele, a szlovéniaiak 90%-a, a burgenlandiak kétharmada tartozik a református egyházhoz.
Egyházszervezeti szempontból az egyik meghatározó folyamat a (kálvini) magyar református egyházak belső integrációja. A 2004 nyarán indult folyamat végeredményeként2009 májusában egységes alkotmányt fogadott el a négy magyarországi és a két erdélyi egyházkerület, valamint további öt ország református egyháza.
2012. június 28-án a kolozsvári zsinat kimondta az Erdélyi Unitárius Egyház és a Magyarországi Unitárius Egyház egyesülését Magyar Unitárius Egyházként.
Egy másik fontos fejlemény, hogy a romániai Gyulafehérvárt 1991 augusztusában –érsekségként – főegyházmegyévé nyilvánították. Kárpátalján Paskai László esztergomi bíboros 1989. május 25-i látogatásával kezdődött el a római katolikus egyház revitalizációja.2002-benII. János Pál pápa az addigi Apostoli Kormányzóságot egyházmegyei státuszba emelte, élére pedig megyéspüspököt nevezett ki.
A szlovákiai magyar katolikusok kétharmada 1998-ig a Pozsony-Nagyszombati Főegyházmegyéhez tartozott. A magyar hívek nyomására az ezredfordulóra valamennyi egyházmegyébe magyarul tudó helynököket, illetve a Nagyszombati Egyházmegyébe a magyar hívek pasztorizációját végző püspököt neveztek ki. Ugyanakkor a magyar hívek tovább folytatják a küzdelmet az önálló magyar püspökség létrehozásáért.
Közéleti vonatkozásban az erdélyi magyar egyházak vezetői töltenek be meghatározó szerepeket. Tőkés László püspök református lelkészként tanúsított temesvári ellenállása indította el 1989-ben a romániai forradalmat. Ma a két legnagyobb romániai magyar alapítvány munkáját lelkészek vezetik. Böjte Csaba ferences szerzetes a Szent Ferenc Alapítvány, Kató Béla református püspök az ökomenikus alapítású egyetemet működtető Sapientia Alapítvány munkáját irányítja.